Mặc dù chiến dịch giải phóng Vilnius có sự tham gia của Quân đội Krajowa do Chính phủ Ba Lan lưu vong ở London chỉ đạo nhưng sự tham gia này có tính hai mặt đúng như nhiệm vụ của quân đội này. Kể từ sau vụ Đài phát thanh Berlin của nước Đức Quốc xã ngày 13 tháng 4 năm 1943 tung ra thông tin tại Khatyn, cách Smolensk 12 km về phí Tây, NKVD (Liên Xô) sát hại khoảng 3.000 sĩ quan và binh sĩ Ba Lan thuộc Quân đội Quốc gia Ba Lan đang lưu vong ở Liên Xô thì quan hệ giữa Chính phủ Liên Xô và Chính phủ lưu vong Ba Lan ở London bắt đầu đổ vỡ. Ngoại trưởng Đức Quốc xã Von Ribeltroff đã tổ chức một cuộc "khảo sát" gồm những người của tướng Władysław Sikorski cùng một số nhà khảo cổ Đức và Thụy Sĩ. Khi có được một số kết quả còn chưa rõ ràng, tướng Władysław Sikorski, người đứng đầu Chính phủ Ba Lan lưu vong tại London đã đệ đơn kiện ra Hội Chữ thập đỏ quốc tế. Báo chí Ba Lan tại Anh cũng rầm rộ đăng tin này. Những người Ba Lan lưu vong tại Mỹ cũng bị kích động, buộc chính phủ của Tổng thống Franklin Roosevelt phải có các biện pháp thận trọng để ổn định tình hình. Tuy nhiên, Winston Churchill (Thủ tướng Anh) và Anthony Eden (ngoại trưởng Anh) phản đối hành động này vì cho rằng, nó sẽ làm hỏng quan hệ giữa các đồng minh chống phát xít. Tướng Władysław Sikorski buộc phải rút đơn kiện. Về phía mình, Chính phủ Liên Xô buộc tội tướng Władysław Sikorski thông đồng với phát xít Đức để chống lại Liên Xô và tuyên bố cắt đứt quan hệ với chính phủ của Władysław Sikorski. Và từ đó, nhiệm vụ của Quân đội Krajowa hoạt động ở Ba Lan, Tây Byelorussia và Litva đã thay đổi theo ý đồ riêng của Władysław Sikorski.[25]

Mùa xuân năm 1944, chính phủ lưu vong Ba Lan ở London tăng cường các hoạt động chống lại Liên Xô với sự tiếp tay của cơ quan tình báo M16. Họ cho rằng "Một điều kiện cần thiết cho sự thành công của chúng ta và sự tồn tại của chúng ta, nếu không phải là một thất bại hoàn toàn thì ít nhất cũng phải làm suy yếu người Nga". Trong một chỉ thị bí mật gửi qua điện đài cho tướng Tadeusz Bur-Komorowski, chỉ huy quân đội Krajowa, tướng Kazimierz Sosnkowski, tổng thanh tra các lực lượng vũ trang Ba Lan ở phương Tây yêu cầu: "Phải duy trì quan hệ tốt với chính quyến dân sự Đức bằng bất cứ giá nào".[26]

Đầu tháng 3 năm 1944, tướng Anders Okulicki được máy bay Anh bí mật thả dù xuống Ba Lan mang theo chỉ thị của tướng Kazimierz Sosnkowski, Bộ trưởng về các vấn đề quân sự của chính phủ lưu vong Ba Lan ở London gửi tướng Tadeusz Bur-Komorowski, gồm 7 điểm như sau:[26]

Tất cả các hoạt động trên đây đều được các tình báo viên Liên Xô hoạt động tại Anh và Ba Lan thông báo cho Moskva. Ngoài ra, từ các vùng còn tạm chiếm và những vùng mới được giải phóng, các chỉ huy các đơn vị du kích Liên Xô và Byelorussia đã báo cáo về Moskva nhiều thông tin về các hành động phá hoại của quân đội Krajowa đối với cuộc chiến tranh du kích của Liên Xô chống quân đội Đức Quốc xã, trong đó có các hoạt động đánh cướp hàng hóa và vũ khí của du kích, ám sát các lãnh đạo cộng sản đang hoạt động bí mật.[8] Với tất cả các thông tin nói trên, Bộ Tổng tư lệnh tối cao Liên Xô thấy rằng không thể để một tổ chức có vũ trang thù địch với mình hoạt động trong hậu phương của mình và đi đến quyết định đặt Quân đội Krajowa ra ngoài vòng quân luật lại những vùng đất do quân đội Liên Xô đã giải phóng.[27]

Ngay sau khi Vilnius được giải phóng, ngày 14 tháng 7 năm 1944, trung tướng Victor Semyonovich Abakumov, chỉ huy trưởng lực lượng an ninh quân đội SMERSH đã bay đến Vilnius với mệnh lệnh của Đại bản doanh về bảo đảm an ninh trong các vùng mới giải phóng. Cũng đi với ông còn có bảy nhóm sĩ quan điều tra đặc nhiệm của SMERSH và các trung đoàn biên phòng thuộc lực lượng NKVD.[28] Tuy nhiên, tướng I. D. Chernyakhovsky đã gặp trung tá Aleksander Krzyżanowski ngày 13 tháng 7 và thuyết phục ông này cùng với các binh sĩ của mình gia nhập vào Tập đoàn quân Ba Lan 1 của Quân đội Nhân dân Ba Lan. Aleksander Krzyżanowski từ chối và tướng I. D. Chernyakhovsky cho ông ta về để suy nghĩ lại sau khi hứa rằng sẽ cung cấp cho quân Ba Lan vũ khí với điều kiện họ phải đứng về phía quân đội Liên Xô. Ngày 16 tháng 7, Aleksander Krzyżanowski đến gặp tướng I. D. Chernyakhovsky và vẫn giữ lập trường bất hợp tác với quân đội Liên Xô. Ngày 17 tháng 7, tướng V. M. Abakumov ra lệnh bắt giữ Aleksander Krzyżanowski và các sĩ quan trong quân đội Krajowa ủng hộ ông ta. Những người còn lại và đa số binh sĩ Ba Lan đồng ý gia nhập Quân đội nhân dân Ba Lan, số chống đối đã bỏ đơn vị chạy trốn vào các khu rừng rậm từ Šiauliai đến Lida và tổ chức các hoạt động phỉ chống lại quân đội Liên Xô. Aleksander Krzyżanowski bị giam tại Liên Xô đến tháng 10 năm 1947 thì bị trục xuất về Ba Lan.[29]

Cho đến nay, các hoạt động chống lại dân thường của Quân đội Krajowa tại Litva trong Chiến tranh thế giới thứ hai vẫn đang được tiếp tục làm rõ. Các cuộc điều tra sơ bộ cho thấy trong thời kỳ chiến tranh Xô-Đức, tại Litva, Quân đội Krajowa đã giết chết khoảng 4.000 người Litva. Đặc biệt nghiêm trọng là vụ thảm sát đêm 23 tháng 6 năm 1944 tại Vilnius và các khu vực Dubingių, Joniškio, Inturkės, Bijutiškio, Giedraičių. Lữ đoàn 5 của quân đội Krajowa dưới sự chỉ huy của viên Lữ đoàn trưởng Z.Šendzeliažas-Lupaška chỉ huy đã thảm sát 4 cảnh sát người Litva và 37 người khác, trong đó có cả người già, phụ nữ, trẻ em từ 11 tháng đến 13 tuổi. Người Litva đã yêu cầu Tổng thống Ba Lan thu hồi các huân huy chương của Z.Šendzeliažas-Lupaška và áp dụng chế độ đăng ký cư trú bắt buộc đối với các cựu chiến binh của Quân đội Krajowa. Họ cũng yêu cầu chính phủ Litva dựng đài kỷ niệm những nạn nhân của quân đội Krajowa tại quận Joniškyje, thành phố Vilnius.[30]

Sau chiến tranh, một số thành viên của lực lượng dân cảnh SS tại Litva đã trốn sang Hoa Kỳ năm 1956 dưới danh nghĩa người tỵ nạn theo đạo luật Relief Act (Luật cứu trợ) năm 1953. 41 năm sau chiến tranh, ngày 26 tháng 6 năm 1996, Tòa án quận Columbia, bang Florida, Hoa Kỳ sau khi xét kết quả điều tra của Ban Hình sự thuộc Văn phòng điều tra đặc biệt (OSI) đã ra phán quyết thu hồi quốc tịch của Hoa Kỳ đối với Kazys Gimzauskas, dân Litva nhập cư vào Florida, trong thời gian Chiến tranh thế giới thứ II đã cộng tác với Đức Quốc xã và tham gia vào các vụ thảm sát người Do thái Litva. Một cựu thành viên khác người Litva của lực lượng dân cảnh SS Vilnius là Aleksandras Lileikis cũng bị cơ quan OSI phát hiện và bị Tòa án liên bang tại Boston ra lệnh tước quốc tịch Hoa Kỳ. Tổng cộng từ năm 1979 đến năm 1996, đã có 107 phần tử thân phát xít Đức bị tước quốc tịch Hoa Kỳ, trong dó có 48 người bị trục xuất khỏi Hoa Kỳ. Hơn 300 người khác được đưa vào diện cần điều tra.[31]